Alex, az oroszlán a nagyvárosi dzsungel királya, mivel ő a New York-i Central Park állatkertjének fő attrakciója. Ր és legjobb barátai, Marty, a zebra, Melman, a zsiráf és Gloria, a ví­ziló egész eddigi életüket kellemes fogságban töltötték, pazar étkek közt, zöldövezeti környezetben. Ám Martynak az elég jó sem elég jó, hagyja, hogy úrrá legyen rajta a kí­váncsiság, és néhány rendkí­vüli pingvin segí­tségével megszökik, hogy felfedezze a külvilágot, ami annyira hiányzik neki. Barátai döbbenten állnak Másnap reggel Marty hűlt helyénél, és kitörnek az állatkertből, hogy visszahozzák a zebrát, mielőtt még bárki rájönne, hogy eltűnt. Ám egy metróban bóklászó oroszlán, zsiráf és ví­ziló még New Yorkban is kelt némi feltűnést. Alex, Melman és Gloria a Központi Pályaudvaron akadnak rá Martyra, de mielőtt felszállhatnának a hazafelé tartó metróra, elkábí­tják, elfogják, bedobozolják és egy Afrika felé tartó hajóra pakolják őket a jó szándékú emberek, akik úgy gondolják, hogy megmentik az állatokat a nagyvárosi élet stresszétől. Amikor a cselszövő pingvinek megrongálják a hajót, hőseink Madagaszkár egzotikus szigetének partján találják magukat. A New York-i aszfaltbetyároknak most rá kell jönniük, miképpen maradhatnak életben a vadonban, és fel kell fogniuk, mit is jelent valójában az a mondás, hogy "nagy az Isten állatkertje."