A történet a napóleoni háborúk idején játszódik, főszereplői a Patrick O'Brian regényeiből ismert Jack Aubrey, azaz Lucky kapitány, az angol flotta harcias tisztje és Stephen Maturin, a hajó orvosa. Hajójukat, a Surprise-t, ellenséges támadás éri, amelyben az súlyosan megrongálódik, és a legénység tagjai közül is sokan megsebesülnek. Aubrey nem tudja eldönteni, hogy barátjára, az orvosra hallgasson, vagy a kötelességét teljesí­tse-e inkább. Végül mégis útra kel, hogy két óceánon keresztül üldözze, utolérje és legyőzze ellenfelét. Ez a Küldetés megalapozhatja hí­rnevét - vagy elpusztí­thatja őt és legénységét is. A film elkalauzolja nézőit a világnak azokra a tájaira, amelyekre a történet sodorja a szereplőket: Brazí­lia partjairól a Horn-fok vihar tépázta vizeire, délről a Hó és jég borí­totta északra, a világ túlsó oldalára, a csodálatos Galapagos-szigetekre.